Here is a list of all documented functions with links to the class documentation for each member:

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• packingScore() : loos::AtomicGroup
• paramSize() : ENM::BoundSuperBlock, ENM::ConstBonded, ENM::DistanceCutoff, ENM::DistanceWeight, ENM::ElasticNetworkModel, ENM::ExponentialDistance, ENM::HCA, ENM::SpringFunction, ENM::SuperBlock
• parse() : loos::OptionsFramework::AggregateOptions, loos::Parser, loos::ParserDriver
• parseFrame() : loos::AmberRst, loos::AmberTraj, loos::CCPDB, loos::DCD, loos::MDTrajTraj, loos::PDBTraj, loos::TinkerArc, loos::Trajectory, loos::TRR
• ParserDriver() : loos::ParserDriver
• PDB() : loos::PDB
• PDBTraj() : loos::PDBTraj
• periodicBox() : loos::AmberNetcdf, loos::AmberRst, loos::AmberTraj, loos::AtomicGroup, loos::CCPDB, loos::DCD, loos::MDTrajTraj, loos::MultiTrajectory, loos::PDBTraj, loos::TinkerArc, loos::Trajectory, loos::TRR, loos::XTC
• perturbCoords() : loos::AtomicGroup
• plus() : loos::Fmt
• pop() : loos::XForm
• postConditions() : loos::OptionsFramework::BasicConvergence, loos::OptionsFramework::BasicWater, loos::OptionsFramework::OptionsPackage, ToolOptions
• precision() : loos::Fmt, loos::XTC
• prefix() : ENM::ElasticNetworkModel
• premult() : loos::XForm
• principalAxes() : loos::AtomicGroup
• principalAxesOrder() : loos::AtomicGroup
• print() : loos::OptionsFramework::AggregateOptions, loos::OptionsFramework::BasicConvergence, loos::OptionsFramework::BasicWater, loos::OptionsFramework::OptionsPackage, ToolOptions
• printBackboneAtoms() : loos::RnaSuite
• printBackboneDihedrals() : loos::RnaSuite
• printReferenceSuites() : loos::RnaSuite
• printSuites() : loos::RnaSuite
• pruneBonds() : loos::AtomicGroup
• push() : loos::Kernel, loos::XForm
• push_back() : loos::LineReader